到頭來菜花可以根治嗎？只要患者積極治療、尋求專業協助依然能夠根治！一般會根據疣的類型、數量多寡、生長位置採取相對應的菜花治療方式，常見的療程管道可分為藥物、手術 2 大類。
菜花治療方式 1 ▶ 藥物
【外用藥膏】
如果有幸在初期就發現疑似症狀，通常會以外用的菜花藥膏處理感染範圍較小的菜花病毒，常見成分、用藥包含：
水楊酸（Salicylic Acid）
三氯乙酸（Trichloroacetic Acid）
酚瑞淨軟膏（Veregen）
樂得美乳膏（Imiquimod）
治疣液藥水（Duofilm）
汰疣凝乳膏（Podophyllotoxin）
5-Fu 藥膏（5-fluorouracil Cream）
以上均須持續於菜花患處擦藥至少 1 個月。費用雖然較親民，但菜花擦藥多久會好沒有一定且效果有限，長期下來若未見成效，醫師通常會建議直接進行手術治療。
【口服用藥】
針對菜花開立的口服藥多為輔助作用，尚會配合其餘治療手段。此類口服藥多數含有抗病毒的成分，希望可以藉由提升患者自身免疫力，加強對抗菜花病毒的效果。
菜花治療方式 2 ▶ 手術
【電燒治療】
假如到了晚期才觀察到菜花增生、病灶與範圍太廣，或是已經使用藥物卻依然沒有改善，建議至泌尿科或大型醫院諮詢菜花電燒的手術。
醫師首先會注射局部麻醉，並以電燒刀燒除受到感染的區域，術後傷口痛感較為明顯，患者應持續在傷處塗抹外用的抗生素軟膏，直到傷口結痂剝落。一般菜花電燒傷口多久會好呢？大約 2 週後就會癒合，因此菜花電燒復原期須好好照料，以免留疤。除此之外，電燒的方式雖然清除率不低，但復發的機會也不小。
【冷凍治療】
菜花冷凍治療原理是以超低溫的液態氮先將病灶急速冷凍（塗抹 or 噴槍），待組織因低溫壞死後切除，針對病灶小的情況較有效果。倘若數量多、範圍大或深，大約每 1－2 週就要進行處理、實際治療次數不定、單次清除率偏低，須持續到病灶全數被破壞為止。
冷凍治療毋須進開刀房，一般門診就能施作，也不像電燒手術會產生燒灼的傷口，術後照顧稍微容易一些。但過程中偶爾會刺痛，冷凍的區塊還是有機率生成水泡。另一方面，若菜花生長在生殖器的內側，由於可能傷到私處其他區塊，所以沒有這麼適合接受冷凍療法。
【雷射治療】
二氧化碳雷射則可用於病灶範圍較廣、增生區塊較多的菜花病毒，尤其是位置表層的濕疣。優點是清除率佳、效用肉眼可見，雷射當下疣體就會脫落。另一方面，比起傳統的電燒，雷射還具有能夠稍微止血、痛感沒那麼強烈、組織破壞程度較小等特性，是一種新興的菜花治療方法。
不過雷射的發數、能量控制都必須仰賴實施醫師本身的經驗判斷，若要選擇雷射手術，也請記得將這部分列入考量！
【患部切除】
前述的電燒手術、冷凍療程、雷射治療能夠清除大多數的菜花，不過如果遇到單一病灶過大、檢查後疑似是癌變前期的症狀時，就會需要透過菜花手術切除嚴重感染的患部，手術後的傷口會相對不好照護，術後酸痛感可能會持續一段時間，但為了杜絕後患此為必要之舉。